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[韦朝春]


韦朝春

 

      职称:教授
      电话:021-34204348
      邮箱:ccwei@sjtu.edu.cn
      地址:生物药学楼4-221室

 

个人简介
1973
10月生,1996年获得北京大学数学学士,2006年获得美国华盛顿大学(圣路易斯)计算机科学博士,毕业后到微软公司工作。2008年初进入上海交通大学,任副教授,教授(2016年起),博士生导师(2011年起)。研究方向是生物序列分析,主持国家自然科学基金、863等项目,获上海市浦江人才计划、教育部新世纪优秀人才资助。Genome ResearchNucleic Acids Research等期刊发表SCI论文25篇,总影响因子超过130,引用数超过1800次

 

主讲课程
生物计算编程语言、生物信息学算法原理、生物组学大数据、生物信息学概论、Matlab模拟与计算实验、基因组学与蛋白质组学、数字信号处理

 

获奖情况

1.     2015上海交通大学优秀教师

2.     2014上海交通大学晨星计划

3.     2013年教育部新世纪优秀人才计划

4.     2009年上海市浦江人次计划

5.     2009、2014、2015、2016年合成生物学iGEM国际大赛金奖

 

代表性教学研究论文

1.   Hu, Z., Sun, C., Lu, K., Chu, X., Zhao, Y., Lu, J., Shi, J., Wei, C.*, “EUPAN enables pan-genome studies of a large number of eukaryotic genomes”, Bioinformatics, 2017, (accepted)

2.   Huang, W., Tsai L., Li, Y., Hua, N., Sun, C., Wei, C., “Widespread of Horizontal Gene Transfer in the Human Genome”, BMC Genomics, 2017,(accepted)

3.   Sun, C., Hu, Z., Lu, K., Zhao, Y., Lu, J., Zheng, T., Wang, W., Shi, J., Zhang, D., Li, Z., Wei, C., “RPAN: Rice Pan-genome Browser for ~3,000 rice genomes”, Nucleic Acids Research, 2017, 45(2): 597-605.

4.   Hu, Z., Scott, H., Qin, G., Zheng, G, Chu, X., Xie, L., Adelson, D., Oftedal, B., Venugopal, P., Babic, M., Hahn, C., Zhang, B., Wang, X., Li, N., Wei, C.*, "Revealing missing human protein isoforms based on ab initio prediction, RNA-seq and proteomics", Scientific Reports, 2015, 5:10940

5.   Zhang, Y., He, Y., Zheng, G., Wei, C.*, "MOST+: A de novo motif finder combining genomic sequence and heterogeneous genome-wide signatures", BMC Genomics, 2015, 16(Suppl 7):S13

6.   Jia, B., Cai, K., Xuan, L., Wei, C.*, “NeSSM: a Next-generation Sequencing Simulator for Metagenomics”, PLoS ONE, 2013, 8(10):e75448.

7.   He, Y., Zhang, Y., Zheng, G., Wei, C.*, “CTF: a CRF-based transcription factor binding sites finding system”, BMC Genomics, 2012, 13(Suppl 8):S18

8.   Jia, P., Xuan, L., Liu, L., Wei, C.*, “MetaBinG: Using GPUs to accelerate metagenomic sequence classification”, PLoS ONE, 2011, 6(11): e25353. doi:10.1371/journal.pone.0025353

9.   The MGC Project Team, “The Completion of the Mammalian Gene Collection (MGC)”, Genome Research, 2009, 19:2324-2333

10. Yang, X., Xie, L., Li, Y., Wei, C*. “More than 9,000,000 Unique Genes in Human Gut Bacterial Community: Estimating Gene Numbers Inside a Human Body”, PLoS ONE, 2009, 4(6): e6074.

11. Wei, C. and Brent, M. R. “Using ESTs to Improve the Accuracy of de novo Gene Prediction”, BMC Bioinformatics, 2006, 7:327.

12. Wei, C., Lamesch, P., Arumugam M., Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M., and Brent, M. R. “Closing in on the C.elegans ORFeome by Cloning TWINSCAN predictions”, Genome Research, 2005, 15:577-582.

(该论文在2005年6月被Nature Reviews Genetics 6,429报道为研究热点Research Highlights)

 

 


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